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Perl findet Methoden nicht	Seitenanfang
ich hab hier nun ein problem mit BioPerl dass sich aber hoffentlich verallgemeinern lässt. ich hab BioPerl in meinem Homedirectory installiert und möchte nun auf die Module zugreifen. #/usr/local/bin/perl use lib '/home/compbio/lunacel/bioperl-1.5'; use Bio::Perl; use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank; $gb = new Bio::DB::GenBank; $seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1'); die Fehlermeldung die ich jetzt krieg ist folgende: Can't locate object method "get_Seq_by_id" via package "Bio::DB::GenBank" at /home/compbio/lunacel/workspace/perl/largeseq.pl line 13. die GenBank.pm existiert im Verzeichnis /home/compbio/lunacel/bioperl-1.5/Bio/DB/ und auch die Methode get_Seq_by_id ist dort implementiert. findet er nun exakt die Methode nicht (obwohl in der .pm file implementiert) oooder heisst dass dass er überhaupt die GenBank.pm nicht findet? und was muss ich ändern? Hoffe es weiß jemand ne lösung, wir stehen schon wieder an :D lg, Luna Datum: 23.09.2005-14:02
re: Perl findet Methoden nicht	Seitenanfang
Hi, ich bin ziemlich sicher, dass perl alle Module gefunden hat, ansonsten würde perl schom beim "use ..." meckern (und sterben). Absolut sicher, dass die Methode genau so heisst? Schreibefehler/Groß-/Kleinschreibung? Gruss, Sven Datum: 23.09.2005-15:26
re: Perl findet Methoden nicht	Seitenanfang
tja leider is die schreibung auch absolut richtig weil die zeile sogar aus nem tutorial ist :( und auch in der GenBank.pm drin steht als SYNOPSIS beispiel bin jetzt schon nen ganzen tag dabei dieses blöde ding da zum laufen zu kriegen. anbei der auszug aus der GenBank.pm - aus der werd ich auch nicht schlau *g* # from Bio::DB::WebDBSeqI from Bio::DB::RandomAccessI =head1 Routines Bio::DB::WebDBSeqI from Bio::DB::RandomAccessI =head2 get_Seq_by_id Title : get_Seq_by_id Usage : $seq = $db->get_Seq_by_id('ROA1_HUMAN') Function: Gets a Bio::Seq object by its name Returns : a Bio::Seq object Args : the id (as a string) of a sequence Throws : "id does not exist" exception Datum: 23.09.2005-16:01
re: Perl findet Methoden nicht	Seitenanfang
OK, hab's gefunden: Bei der Installation von bioperl beklagt sich schon "perl Makefile.PL" darüber, dass andere Module fehlen. In diesem Fall konnte ich Dein Test Programm zu Laufen bekommen, indem ich das Modul IO::String installiert habe. Hier ist der relevante Teil: -------------------------------------------- External Module GD::SVG, Generate optional SVG output, is not installed on this computer. The in Bioperl needs it for Bio::Graphics External Module Ace, Aceperl, is not installed on this computer. The Bio::DB::Ace in Bioperl needs it for access of ACeDB database External Module SOAP::Lite, SOAP protocol, is not installed on this computer. The Bio::DB::XEMBLService in Bioperl needs it for XEMBL Services (also Bibliographic queries in Biblio::) External Module GD, Graphical Drawing Toolkit, is not installed on this computer. The Bio::Graphics in Bioperl needs it for Rendering Sequences and Features External Module XML::Parser, Parsing of XML documents, is not installed on this computer. The Bio::SeqIO::game,Bio::Variation::* in Bioperl needs it for Bio::Variation code, GAME parser External Module IO::String, IO handle to read or write to a string, is not installed on this computer. The Bio::DB::*,Bio::Variation::*,Bio::Tools::Blast::Run::Webblast, Bio::Index::Blast in Bioperl needs it for GenBank+GenPept sequence retrieval, Variation code External Module XML::Twig, Available on CPAN, is not installed on this computer. The Module Bio::Variation::IO::xml.pm in Bioperl needs it for parsing of XML documents External Module SVG, Generate optional SVG output, is not installed on this computer. The in Bioperl needs it for Bio::Graphics External Module Text::Shellwords, Execute shell commands, is not installed on this computer. The Bio::Graphics in Bioperl needs it for test scripts External Module XML::Parser::PerlSAX, Parsing of XML documents, is not installed on this computer. The Bio::SeqIO::game,Bio::Variation::* in Bioperl needs it for Bio::Variation code, GAME parser External Module XML::Writer, Parsing + writing of XML documents, is not installed on this computer. The Bio::SeqIO::game,Bio::Variation::* in Bioperl needs it for Bio::Variation code, GAME parser External Module Graph::Directed, Generic Graph data stucture and algorithms, is not installed on this computer. The Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine in Bioperl needs it for Ontology Engine implementation for the GO parser ------------------------------------------------------ Gruss, svenXY Datum: 23.09.2005-16:56
re: Perl findet Methoden nicht	Seitenanfang
für was ist denn eigendlich BioPerl?? ;) Bio und Perl erscheint mir doch ein wenig paradox oder irrt der Name? Datum: 29.09.2005-17:55
re: Perl findet Methoden nicht	Seitenanfang
Im Gegenteil. Perl ist die meisteingesetzte Sprache im Genetik-Bereich. Zum einen weil fast alle Gen-Datenbanken aus Textfiles bestehen die es zu parsen gibt (und hier ist perl wohl die beste sprache) und zum anderen weil perl am leichtesten zu erlernen ist.. nachdem die meisten Bioinformatiker aus dem biologischen Bereich kommen. BioPerl ist also die API zum parsen der verschiedenen Genefile-formate und vor allem zum BLASTen (sequenz-vergleich gegen die gesamte DB) es gibt übrigens auch: BioRuby, BioPython, BioJava wobei bioperl aber mit abstand am ausgereiftesten ist. (und die doku trotzdem noch unter aller kritik) lg Datum: 30.09.2005-09:11