Hallo,ich habe ein Problem mit Bioperl. Ich möchte ein Sequenz oder auch nur ein Codon einer DNA Sequenz translatieren. Dies geht mit dem Modul
Bio::PrimarySeq und der Funktion translate. Das ist alles noch ok. Doch habe ich in meiner DNA Sequenz auch andere Buchstaben ausser GATC und N, zum Beispiel ein S, was dafür steht, dass an der Stelle entweder ein G oder C stehen kann, oder ein Y für C oder T.
Mit diesen Buchstaben hat translate ein Problem, denn es wird eine Exception erzeugt und das Programm bricht komplett ab.
Gibt es eventuell eine ähnlich Funktion, die auch mit anderen Buchstaben in der DNA Sequenz umgehen kann und mir dann die Möglichkeiten der Aminosäuren zurückliefert?
Würde mich über eine baldige Antwort freuen.
Viele Grüße Yvonne
Datum: 06.07.2005-09:41
Bioperl translate Funktion
