 Daten aus FASTA-Dateien auslesen
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Hi!
Ich habe eine Datei im FastA-Format, die sieht folgendermassen aus:<seq1
--ACdff-p
<seq2
klAm----l
<seq3
AC--pkls- Aus dieser Datei moechte ich jetzt die "Namenszeilen" <seq1 usw. heraus weg haben und nur die folgenden Sequenzen dann in einer anderen Datei speicher, so dass ich auf die einzelnen Elemente (Buchstaben und -) zugreifen kann.
Kann mir da vielleicht jemand weiterhelfen? Katrin
Datum: 13.12.2004-16:51
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re: Daten aus FASTA-Dateien auslesen
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Ja schon. Filter einfach die entsprechenden Zeilen ueber eine RegEx aus. Z.B. so:
open(INFILE, 'FASTAdatei') or die $!;
open(OUTFILE, '>RESTdatei') or die $!;
while (my $line = <INFILE>) {
next if $line =~ m/^<[a-zA-Z0-9]+$/; # Namen ueberspringen
print OUTFILE $line;
}
close(OUTFILE);
close(INFILE);
Ich weiss nicht wie die Namen aussehen duerfen. Wenn da noch mehr Zeichen als a .. Z und 0 .. 9 dazugehoeren musst Du die Zeichenklasse entsprechend erweitern. Oder heissen die immer "seqX" ? Dann kannst Du auch
m/^<seq[0-9]+$/
benutzen. Fuer Doku zu regulaeren Ausdruecken siehe:
perldoc perlre
perldoc perlop
Datum: 14.12.2004-06:59
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re: Daten aus FASTA-Dateien auslesen
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| Kennst Du BioPerl? (gibt's auf CPAN) Dort gibt's das Modul
Bio::SeqIO Und weiterhin gibt es
Bio::FASTASequence::File
Datum: 14.12.2004-14:41
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